법인전환 시 대출금채무 승계와 양도소득세 이월과세 요건 - 서울행정법원 2024. 11. 8. 선고 판결 분석

개인사업자가 법인으로 전환할 때 양도소득세 이월과세 제도를 활용하면 즉시 세금 부담 없이 사업 형태를 변경할 수 있습니다. 그러나 이 제도를 적용받기 위해서는 '신설법인의 자본금이 기존 사업장의 순자산가액 이상'이어야 한다는 요건을 충족해야 합니다.

서울행정법원에서 이 요건과 관련하여 납세자에게 유리한 판결이 선고되었습니다. 특히 현물출자 시 대출금채무가 실제로 신설법인에 승계되었는지 여부가 핵심 쟁점이 되었던 사례입니다.

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▣ 사건 개요

기본 사실관계

원고는 2006년 서울 소재 부동산(이하 '이 사건 부동산')을 취득하여 2016년부터 주거용 건물 임대업을 영위해왔습니다. 2020년 3월, 원고는 이 사건 부동산을 현물출자하는 방식으로 유한회사 A를 설립하면서 조세특례제한법 제32조에 따른 양도소득세 이월과세를 신청하였습니다.

과세처분의 경위

감사원은 원고의 기존 사업장에 존재하던 금융부채 187,166,801원(이하 '이 사건 대출금채무')이 신설법인인 A에 승계되지 않았다고 판단하였습니다. 이에 따라 다음과 같은 계산이 이루어졌습니다.

구분 금액

A의 자본금	642,830,000원
순자산가액 (대출금채무 제외 시)	829,996,801원
판단	자본금 < 순자산가액 → 이월과세 요건 미충족

결국 피고(세무서장)는 2023년 3월, 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 353,508,470원(가산세 포함)을 부과하였습니다.

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▣ 법적 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 다음과 같습니다.

현물출자 시 이 사건 대출금채무가 신설법인에 승계되어 순자산가액 계산 시 부채로 포함되는지 여부

▣ 관련 법령

조세특례제한법 제32조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)

제1항에서는 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업 양도·양수의 방법으로 법인으로 전환하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있습니다. 다만, 제2항에서 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다고 명시하고 있습니다.

조세특례제한법 시행령 제29조 제5항

위 '대통령령으로 정하는 금액'이란 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서, 법인전환일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말합니다.

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▣ 법원의 판단

1. 이월과세 제도의 입법 취지

법원은 구 조특법 제32조의 입법취지를 다음과 같이 설명하였습니다.

개인사업장을 법인으로 전환하는 것은 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과합니다. 따라서 재산 이전에 따르는 취득세 등을 부과할 필요가 적고, 개인사업장의 법인화가 사회경제적으로도 바람직하기 때문에 이를 장려하고자 도입된 제도입니다.

다만, 이 과정에서 개인사업자가 출자금액을 부당하게 축소시키는 것을 방지하기 위해 '자본금 ≥ 순자산가액' 요건을 규정하고 있습니다 (대법원 1994. 11. 18. 선고 93누20160 판결 참조).

2. 대출금채무의 승계 인정

법원은 다음과 같은 사정들을 종합하여 이 사건 대출금채무가 신설법인 A에 승계되었다고 판단하였습니다.

(가) 전체 자산·부채의 현물출자

원고는 이 사건 대출금채무를 비롯한 기존 사업장의 사업용 고정자산 전부를 현물출자하여 A를 설립하였습니다. 기존 사업장의 자산과 부채 중 제외한 것이 없어, 현물출자 대상인 순자산가액이 새로 설립되는 A에 그대로 승계되어 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾼 것으로 평가됩니다.

(나) 현물출자계약서상 출자가액의 산정 방식

현물출자계약서 제2조에서 출자목적 재산의 가격을 642,830,000원으로 정하였는데, 이 금액은 회계법인의 감정보고서에 따라 부동산 가치 21억 원에서 대출금채무 187,166,801원과 전세보증금채무 12억 7,000만 원을 공제한 금액입니다.

즉, 출자가액 산정 과정에서 이미 대출금채무가 부채로 반영되었고, A는 이 출자금액을 기준으로 주당 액면금액 5,000원의 주식 128,566주를 발행하여 원고에게 지급하였습니다.

(다) 대출금채무 관련 특수한 사정

원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 은행으로부터 가계자금 대출을 받았습니다. 그런데 현물출자 이후 기업자금대출로의 승계가 곤란하여 근저당권설정등기의 채무자 명의 변경이 이루어지지 않았을 뿐입니다.

법원은 이러한 사정이 기존 사업장의 자산이 외부로 유출되지 않았음을 보여준다고 보았습니다.

(라) 법원 심사를 거친 자본금 확정

A의 자본금(발행주식 총수)은 원고가 A를 설립함에 있어 이 사건 대출금채무를 공제하여 산정된 현물출자액을 기초로 법원의 심사를 거쳐 정해진 것입니다.

법원은 발기설립 절차에서 현물출자액 산정 시에는 법원의 엄격한 심사를 통과하기 위해 보수적으로 대출금채무를 공제할 수밖에 없었던 점을 인정하였습니다.

(마) 재무상태표상 부채 기재

A의 재무상태표에도 이 사건 대출금채무는 장기차입금(부채)으로 기재되어 있습니다. 현물출자 이후에 원고가 대출금채무를 변제하였다 하더라도, 이는 A의 대표자로서 A가 적어도 병존적 채무인수나 이행인수한 것을 가수금계정으로 회계처리할 수 있습니다.

3. 결론

법원은 위와 같은 사정들을 종합하여, 이 사건 대출금채무는 A에 승계되어 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상의 이월과세 요건을 충족한다고 판단하였습니다.

따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하며, 원고의 청구를 인용하여 양도소득세 부과처분을 취소하였습니다.

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▣ 판결의 시사점

1. 입법취지에 부합하는 해석

법원은 이월과세 제도의 입법취지를 고려한 해석을 하였습니다. 만약 대출금채무를 공제할 수 없다고 해석한다면, 물상보증인인 개인사업자의 경우 현물출자에 앞서 미리 근저당권을 말소하거나 대출금채무 상당을 추가로 출자해야 하는 부담이 생깁니다.

이는 현물출자에 의한 법인전환을 현저히 곤란하게 하여 구 조특법 제32조의 입법취지를 몰각시킬 우려가 있다고 법원은 판시하였습니다.

2. 실질 승계 여부의 종합적 판단

법원은 대출금채무의 승계 여부를 판단함에 있어 다음 요소들을 종합적으로 고려하였습니다.

• 현물출자계약서상 출자가액 산정 방식
• 회계법인 감정보고서의 평가 내용
• 신설법인 정관상 자본금 기재
• 재무상태표상 부채 계상 여부
• 대출 승계가 곤란했던 실무적 사정

3. 형식보다 실질을 중시

비록 근저당권의 채무자 명의가 변경되지 않았더라도, 실질적으로 대출금채무가 신설법인에 승계되었다면 이월과세 요건 판단 시 부채로 인정될 수 있음을 확인한 판결입니다.

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▣ 실무상 유의사항

법인전환 시 양도소득세 이월과세를 적용받고자 하는 경우, 다음 사항들을 유의하시기 바랍니다.

첫째, 현물출자계약서 작성 시 출자가액 산정 근거를 명확히 기재해야 합니다. 부채를 공제한 금액으로 출자가액을 정했다면, 그 산정 과정을 계약서에 구체적으로 명시하는 것이 바람직합니다.

둘째, 회계법인 등의 감정보고서를 통해 자산 및 부채의 시가 평가 근거를 확보해 두어야 합니다.

셋째, 신설법인의 재무상태표에 승계한 부채를 적정하게 계상해야 합니다. 회계처리가 실질적인 승계 여부 판단의 중요한 근거가 될 수 있습니다.

넷째, 대출금 승계가 금융기관의 사정으로 곤란한 경우에도, 병존적 채무인수나 이행인수 등의 법적 구조를 통해 실질적인 채무 승계가 이루어졌음을 입증할 수 있도록 준비해야 합니다.

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▣ 관련 법령 및 판례

관련 법령

• 조세특례제한법 제32조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)
• 조세특례제한법 시행령 제28조, 제29조

인용 판례

• 대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두17865 판결
• 대법원 1994. 11. 18. 선고 93누20160 판결
• 대법원 2010. 1. 14. 선고 2009두11874 판결

본 판결

• 서울행정법원 2024. 11. 8. 선고 2023구단79138 판결 (국패)

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이상으로 법인전환 시 대출금채무 승계와 양도소득세 이월과세 요건에 관한 서울행정법원 판결을 분석해 보았습니다. 법인전환을 계획하고 계신 분들은 이 판결의 취지를 참고하여 세무 리스크를 사전에 점검하시기 바랍니다.

감사합니다.

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