약국 세무실무 종합 가이드 - 약사업 운영자를 위한 핵심 세무관리 안내서

약국을 운영하시는 분들께서는 흔히 "의료 관련 업종이니 면세사업자"라고 생각하시는 경우가 많습니다. 그러나 약국은 처방조제 수입과 일반의약품 판매가 동시에 발생하는 과세·면세 겸영사업자로서, 일반적인 소매업보다 더욱 세심한 세무관리가 필요한 업종입니다.

본 가이드에서는 약국 개업부터 부가가치세, 종합소득세 신고까지 약사업 운영자가 반드시 알아야 할 세무 핵심 사항을 정리해 드립니다.

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▣ 약국 사업자의 세무적 특성

일반과세자 및 복식부기 의무자 적용

약사업은 「부가가치세법 시행령」 제109조에서 정하는 간이과세 배제 업종에 해당합니다. 이에 따라 연간 매출액 규모와 상관없이 사업자 등록 시점부터 일반과세자로 분류됩니다.

또한 약국은 수입금액과 관계없이 복식부기 의무자로 지정되기 때문에, 신규 개업 시점부터 전문 세무대리인을 통한 체계적인 장부 작성이 필수적입니다.

과세·면세 겸영사업자의 구조

매출 유형 과세 여부 해당 품목

과세매출	부가세 과세	일반의약품, 화장품, 건강기능식품, 담배 등
면세매출	부가세 면세	처방전 조제수입

처방전에 따른 조제용역은 의료행위와 직접 관련되어 부가가치세가 면제됩니다. 반면, 일반의약품이나 건강기능식품, 화장품 등의 판매는 의료행위와 무관한 일반 소매행위로 보아 과세대상이 됩니다.

이러한 이중 구조로 인해 공통매입세액 안분계산, 매출원가 구분관리 등 일반 과세사업자보다 복잡한 세무처리가 수반됩니다.

사업용 계좌 개설 및 신고

복식부기 의무자인 약국 사업자는 사업자등록일로부터 6개월 이내에 사업용계좌를 개설하여 관할 세무서장에게 신고해야 합니다. 기존에 사용 중인 계좌가 있다면 해당 계좌를 신고하면 됩니다.

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▣ 부가가치세 실무

매입세액 공제 판단 기준

약국의 매입세액 공제 여부는 해당 매입이 과세매출과 관련되는지, 면세매출과 관련되는지에 따라 결정됩니다.

매입 항목 관련 매출 공제 여부 비고

전문의약품	면세(조제)	불공제	-
일반의약품(판매 전용)	과세(소매)	공제	-
일반의약품(조제 사용)	면세(조제)	불공제	면세 관련분으로 처리
공통경비(임차료, 비품, 광고비 등)	과세+면세	안분계산	면세비율만큼 불공제

첫째, 전문의약품은 처방조제라는 면세용역에 사용되므로 매입세액 공제가 불가능합니다.

둘째, 일반의약품 중 소매판매 목적으로 구입한 것은 과세매출과 관련되어 매입세액 공제가 가능합니다. 다만, 조제에도 함께 사용되는 일반의약품은 면세 관련분으로 보아 공제 대상에서 제외해야 합니다.

셋째, 임차료·비품·광고비 등 과세와 면세 매출에 공통으로 사용되는 경비는 해당 과세기간의 총매출액 중 면세매출 비율만큼 안분하여 불공제 처리합니다.

부가가치세 신고 시 유의사항

약국은 과세매출과 면세매출이 함께 발생하므로, 부가가치세 신고서에 면세수입금액을 함께 기재해야 합니다. 이 경우 별도의 사업장현황신고 의무가 면제됩니다.

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▣ 종합소득세 실무

신고 기한 및 방법

약국 사업자는 해당 연도의 수입금액과 필요경비를 정리하여 다음 해 5월 31일까지 종합소득세를 신고해야 합니다. 복식부기 의무자이므로 세무대리인을 통한 신고가 권장됩니다.

성실신고확인 대상 기준

약국은 의약품소매업에 해당하며, 해당 연도 수입금액이 20억 원 이상인 경우 성실신고확인대상자로 지정됩니다. 이 경우 세무사 등 성실신고확인자의 확인을 받아 신고해야 하며, 보다 정밀한 세무관리가 요구됩니다.

총수입금액의 구성

약국의 총수입금액은 다양한 원천에서 발생하며, 각 항목을 정확히 파악하여 관리해야 합니다.

수입 유형 세부 내용

건강보험 수입	공단부담금 + 본인부담금
의료급여 수입	의료급여 대상자 조제
자동차보험 수입	손해보험사 심사결정 금액
산재의료 수입	산업재해 관련 조제
일반의약품 판매	OTC 의약품 소매 매출
기타 판매	화장품, 생활용품 등
판매장려금	제약회사 지급분

수입금액 산입 시 주의사항

첫째, 제약회사로부터 수령하는 리베이트 및 판매장려금은 반드시 영업외수익에 포함해야 합니다. 지급회사가 세무서에 지급내역을 제출하므로 누락 시 추후 추징될 수 있습니다. 참고로 2024년부터 CSO 지출보고서 보고 의무가 시행되고 있습니다.

둘째, 카드사로부터 적립받는 마일리지도 수입금액에 산입해야 합니다.

셋째, 부가가치세 신고 시 공제받은 신용카드발행세액공제액도 총수입금액에 포함됩니다.

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▣ 필요경비 처리 시 유의사항

매출원가 구분의 중요성

전문의약품 매출원가는 건강보험공단에 청구하는 약가와 일치시켜야 합니다. 일반의약품과 전문의약품의 원가를 명확히 구분하여 관리하는 것이 세무조사 대비 측면에서도 중요합니다.

재고자산 폐기손실 인정 요건

유효기간 경과 등의 사유로 폐기하는 의약품을 재고자산폐기손실로 인정받으려면 객관적인 입증서류가 필수입니다.

• 폐기 전 사진 촬영
• 폐기 대상 의약품 목록 작성
• 폐기 일자 및 폐기 방법 기록

이러한 증빙이 갖춰져야 세무조사 시 폐기손실을 정당하게 인정받을 수 있습니다.

고객 무상제공 물품의 처리

고객에게 무상으로 제공하는 드링크제 등은 접대비로 처리해야 합니다. 해당 물품의 매입세액은 부가가치세 공제 대상에서 제외됩니다.

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▣ 실무상 체크리스트

약국 운영 시 세무 리스크를 최소화하기 위해 다음 사항들을 정기적으로 점검하시기 바랍니다.

첫째, 과세·면세 매출을 명확히 구분하여 기장하고 있는지 확인합니다.

둘째, 일반의약품 중 조제에 사용되는 부분과 소매판매 부분을 구분하여 매입세액 공제를 적정하게 적용하고 있는지 검토합니다.

셋째, 제약회사로부터 수령한 판매장려금이 빠짐없이 수입금액에 반영되어 있는지 확인합니다.

넷째, 재고자산 폐기 시 증빙서류를 체계적으로 관리하고 있는지 점검합니다.

다섯째, 사업용 계좌를 통한 거래가 원칙적으로 이루어지고 있는지 확인합니다.

 

이상으로 약국 세무실무 종합 가이드를 정리해 보았습니다. 약국은 과세와 면세가 혼재되는 특수한 업종으로, 개업 초기부터 전문 세무대리인과의 협력을 통해 체계적인 세무관리를 하시는 것이 바람직합니다.

궁금하신 사항이 있으시면 언제든 문의해 주시기 바랍니다.

감사합니다.