장애인고용부담금 손금산입 여부 - 법원과 과세당국의 엇갈린 판단

최근 장애인고용부담금의 법인세 손금산입 여부를 둘러싼 법원과 과세당국의 판단이 정반대로 나뉘면서 실무상 큰 혼란이 발생하고 있습니다. 서울행정법원과 서울고등법원은 손금산입이 가능하다고 판단한 반면, 국세청 조세심판원은 계속해서 손금불산입 입장을 고수하고 있어 납세자들의 주의가 필요합니다.

▣ 사건의 배경

한 법인은 장애인 의무고용률을 충족하지 못해 2018년도분과 2019년도분 장애인고용부담금을 고용노동부장관에게 신고·납부하였습니다. 이 법인은 당초 2019년 및 2020년 사업연도 법인세 신고 시 해당 부담금을 손금불산입 처리하였습니다.

그러나 이후 장애인고용부담금이 법인세법 제21조 제5호에 규정된 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 않는다고 판단하여 2021년 11월 경정청구를 제기하였으나, 과세관청은 이를 거부하였습니다. 이에 법인은 조세심판을 거쳐 행정소송을 제기하게 되었습니다.

▣ 주요 쟁점

본 사안의 핵심 쟁점은 다음과 같습니다.

"장애인고용부담금이 법인세법 제21조 제5호에서 규정하는 '법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금'에 해당하는가"

▣ 관련 법령 근거

1. 법인세법 제21조(세금과 공과금의 손금불산입)

다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금에 산입하지 않습니다.

• 제5호: 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금

2. 장애인고용촉진 및 직업재활법 제33조

• 제1항: 의무고용률에 미달하는 장애인을 고용하는 상시 100명 이상 근로자 고용 사업주는 장애인고용부담금을 납부해야 합니다.
• 제2항: 부담금 = (의무고용인원 - 실제고용인원) × 부담기초액의 연간 합계액

3. 법인세법의 해석 원칙

대법원 판례(2004. 3. 18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결)에 따르면, 공과금은 사업경비의 성격을 띠어 원칙적으로 손금산입되며, 예외적으로 법률이 정한 경우에만 손금불산입됩니다.

▣ 법원의 판단

서울행정법원 판결(2022구합65757, 2023.5.2.)

1심 법원은 원고 승소 판결을 내렸습니다. 법원은 장애인고용부담금이 의무 불이행에 따라 부과되는 것은 맞지만, '제재'의 성격을 가진다고 보기 어렵다고 판단하였습니다.

주요 판단 근거:

• 장애인고용법에는 고용의무 불이행에 대한 형사처벌 규정이 없음
• 부담금의 주된 목적은 장애인 고용 촉진이라는 정책 목표 달성
• 유도적·조정적 부담금의 성격이 강함
• 장애인을 고용한 사업주와 그렇지 않은 사업주 간 비용 부담의 형평성 확보가 주된 취지

서울고등법원 판결(2023누45325, 2023.12.5.)

2심 법원 역시 과세관청의 항소를 기각하고 원고 승소 판결을 유지하였습니다.

추가 판단 사항:

• 구 법인세법 시행령은 장애인고용부담금을 손금산입 대상으로 명시하고 있었음
• 헌법재판소 위헌결정에 따라 시행령 규정이 삭제되었으나, 이는 손금불산입 대상을 모법에 포괄적으로 규정하기 위한 것일 뿐
• 법령 개정 전후로 장애인고용부담금을 손금불산입할 정책적 필요성이 새로 발생하지 않았음
• 법령 개정 후에도 과세관청의 질의회신과 하급심 판결에서 줄곧 손금산입을 인정해왔음
• 행정기본법 제2조 제5호의 '제재' 개념을 조세법에 그대로 확대 적용하기 어려움

▣ 국세청 조세심판원의 판단

조심2024서0529(2024.8.8.) 및 유사 결정례

조세심판원은 계속해서 청구인의 주장을 기각하고 있습니다.

주요 판단 근거:

• 장애인고용법은 의무고용 불이행 시 부담금을 부과하는 구조로서, 실질적으로 의무 불이행에 대한 제재에 해당
• 의무 불이행이라는 사유가 존재하지 않으면 부담금도 부과되지 않음
• 따라서 법인세법 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당

기획재정부 유권해석 변경 경위

• 구 유권해석(서이46012-10673, 2001.12.5.): 장애인고용부담금을 손금산입 대상 공과금으로 인정
• 신 유권해석(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.): 장애인고용부담금은 법인세법 제21조 제5호에 따른 손금불산입 대상 공과금으로 변경
• 적용시점: 2019년 1월분(2018년도 귀속분) 장애인고용부담금부터 적용

▣ 납세자의 주장과 신뢰보호 원칙

납세자들은 다음과 같은 근거로 손금산입을 주장하고 있습니다.

1. 부담금의 성격

장애인고용부담금은 단순한 제재가 아니라 장애인 고용을 유도하고 고용 사업주 간 비용 부담을 조정하기 위한 정책적 수단입니다. 실제로 징수된 부담금은 장애인 고용 장려금, 고용 시설 지원 등에 사용됩니다.

2. 신뢰보호 원칙

2001년부터 2018년까지 약 17년간 국세청이 손금산입을 인정해왔음에도, 법령 개정 없이 유권해석 변경만으로 과세 방침을 바꾸는 것은 신뢰보호 원칙에 위배됩니다.

3. 법령 개정 연혁

법인세법이 개정되면서 공과금의 손금산입 범위가 확대되었는데, 장애인고용부담금을 손금불산입하려는 명확한 입법 의도나 논의가 없었습니다.

▣ 실무 대응 방안

현재 대법원에 상고심이 계류 중인 상황에서, 실무상 다음과 같은 신중한 접근이 필요합니다.

1. 보수적 세무처리 원칙

당분간은 손금불산입으로 처리

• 현재 법인세 신고 시에는 장애인고용부담금을 손금불산입 처리하는 것이 안전합니다
• 과세관청과 조세심판원이 일관되게 손금불산입 입장을 유지하고 있기 때문입니다

2. 경정청구 검토 시점

대법원 확정 판결 이후 경정청구 권장

• 대법원에서 납세자 승소 판결이 확정되면 그때 경정청구를 진행하는 것이 바람직합니다
• 다만, 경정청구 제척기간(법정신고기한으로부터 5년)을 반드시 고려해야 합니다

3. 경정청구 기간 임박 시

고등법원 판결 기반 경정청구 고려

• 경정청구 제척기간이 임박한 경우, 서울고등법원 판결을 근거로 경정청구를 선제적으로 진행하는 방안을 검토할 수 있습니다
• 이 경우 과세관청이 거부할 가능성이 높으므로, 행정소송까지 갈 것을 각오해야 합니다

4. 적용 대상 사업연도

2018년도 귀속분(2019년 신고분)부터 적용

• 기획재정부 유권해석 변경 시점을 고려할 때, 2018년도 귀속 장애인고용부담금부터 손금불산입 대상이 되었습니다
• 따라서 2019년 이후 법인세 신고분에 대한 경정청구가 가능할 것으로 보입니다

▣ 맺음말

장애인고용부담금의 손금산입 여부는 단순한 세법 해석의 문제를 넘어, 장애인 고용 정책의 실효성과 기업의 세무 부담이라는 두 가치가 충돌하는 복잡한 사안입니다.

법원은 부담금의 정책적·유도적 성격을 강조하며 손금산입을 인정하는 반면, 과세당국은 의무 불이행에 따른 제재적 성격을 근거로 손금불산입 입장을 고수하고 있습니다.

현재로서는 대법원의 최종 판단을 기다려야 하는 상황입니다. 실무에서는 당분간 손금불산입으로 처리하되, 대법원 판결이 확정되는 즉시 경정청구를 검토하는 보수적 접근을 권장합니다.

특히 장애인 채용에 최선의 노력을 기울였음에도 현실적인 어려움으로 의무고용률을 충족하지 못한 기업들의 경우, 이번 대법원 판결에 따라 상당한 세무 부담 경감 효과를 기대할 수 있을 것으로 보입니다.

앞으로도 대법원 판결 및 관련 예규의 변화를 지속적으로 모니터링하시어, 세무 리스크를 최소화하시기 바랍니다.

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참고 법령 및 판례

• 법인세법 제21조(세금과 공과금의 손금불산입)
• 장애인고용촉진 및 직업재활법 제33조(장애인고용부담금)
• 서울행정법원 2022구합65757(2023.5.2.)
• 서울고등법원 2023누45325(2023.12.5.)
• 조세심판원 조심2024서0529(2024.8.8.)
• 기획재정부 법인세제과-145(2018.2.21.)
• 국세청 서이46012-10673(2001.12.5.)
• 대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결

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